La Casa del Agua se inauguró en febrero del 2002. Cuenta con cuatro salas de exhibición y un sendero interpretativo para reforzar el aprendizaje “in situ” sobre los pantanos.
La primera sala define los conceptos de biosfera, pantanos, área natural protegida y la caracterización de la Reserva a través de sus bienes y servicios ambientales.
La segunda, ubica históricamente a los Pantanos de Centla resaltando eventos culturales trascendentales y las formas de vida; a través de un mural de seis metros elaborado por artistas locales.



El tercer módulo se integra por una escenografía que pone de manifiesto elementos de la riqueza cultural y ecológica del  área, por medio de un corte del pantano.
Por último se cuenta con un área de  servicios de información y descanso, que incluye un acuario con peces y crustáceos nativos de la zona.
En los estanques y andadores se puede apreciar una representación natural de la vegetación (mangle, pukté, palo tinto) y fauna (cocodrilos, tortugas, iguanas, diversas aves) de los Pantanos de Centla.

El sendero interpretativo cuenta con 700 metros y permite adentrarse a los pantanos y conocer como los pobladores locales se han integrado a los mismos.
Un atractivo adicional es una torre de 20 metros de altura, desde donde se pueden observar los principales paisajes de la Reserva.

A orillas del río se ubica una palapa abierta de usos múltiples y material museográfico con el tema de la importancia del agua dirigida a la población escolar principalmente.