La construcción y operación de la Casa del Agua ha sido posible gracias a donativos de Petróleos Mexicanos. También se ha contado con el apoyo del Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza, del Gobierno del Estado de Tabasco,  de la Secretaría de Turismo, La Universidad Juárez Autónoma de Tabasco, el  Acta Norteamericana para la Conservación de Humedales (NAWCA por sus siglas en inglés), entre otros.